Gen-Schaf Dolly

[DrStupid]

Aber ersten habe ich mich
vorhin vertan: die DNA ist nicht 2 Lichtminuten sondern 2
Lichtstunden lang.

Nur um Mißverständnissen vorzubeugen:

Die menschliche DNS besteht aus 3 Milliarden Basenpaaren und der Abstand zweier Basen beträgt rund 7Å. Wenn wir das Molekül so auseinanderziehen, daß es noch nicht einmal eine Helix bildet, dann kommen wir auf 2,1 Meter.

Du meinst vermutlich die Gesamtlänge aller DNS-Stränge eines erwachsenen Menschen. Die beträgt tatsächlich 2,1*10¹²m also rund 2 Lichtstunden.

[Jo1_a88223]

Hallo Jochen!

Stell dir vor, du hast ein Auto…

Das hast Du sehr schön verdeutlicht, vielen Dank! Aber wie
lautet die Erklärung thermodynamisch? Ist das sehr komplex,
oder kann man das noch verstehen?

Tja, ich bin doch auch nur ein kleiner Biologe… ! Formell herleiten kann ich’s auch nicht. Ein Denk-Ansatz ist möglicherweise der Maxwellsche Dämon, welcher versucht, einen „geordneten“ Zustand zu erhalten… keine Ahnung.

Zusätzlich gibt es relativ feste
DNA-Protein-Komplexe, die die Repikation ebenfalls zum Arrest
bringen können.

Beispiel ?

Habe ich Dich
jetzt mißverstanden, oder ist Deine Frage damit beantwortet?

Ja und nein… Ich kann mir keinen (nicht-kovalenten) DNA/Protein-Komplex vorstellen, der einem PCNA-gekoppelten Transkriptionskomplex widersteht (rein thermodynamisch, versteht sich…). Ich dachte, die TCR sollte damit keine Probleme haben. Der Rest ist absolut klar.

Auf die Schnelle weiß ich jetzt nur einen Artikel:
Chakraverty et al., 1999, Defending genome integrity
during DNA replication: a proposed role for ReqQ fymily
helicases; Bioassays 4 (21), Seiten 286 - 294

Interessant: das WRN-Protein (defekt bei Menschen mit Werner-Syndrom) ist eine ReqQ-homologe Helicase !

Womit beschäftigst Du denn, wenn Du Dich gerade nicht mit
Altern beschäftigst?

Tja, das wüßte mein Chef auch gerne… Mein Projekt ist überschreiben mit „Entwicklung routinefähiger Methoden für die molekulare Tumordiagnostik“. Da beschäftige ich mich mit Anwendungen von real-time Q-PCR Methoden.

Und selbst ?

Beste Grüße,
Jochen

[Anonym]

Huhu!

Tja, ich bin doch auch nur ein kleiner Biologe… !

Aha, dann ist die Chemie-Adresse also nur Tarnung! Offenbar bist Du ein Leidensgenosse… :o)

Formell
herleiten kann ich’s auch nicht. Ein Denk-Ansatz ist
möglicherweise der Maxwellsche Dämon, welcher versucht, einen
„geordneten“ Zustand zu erhalten… keine Ahnung.

Macht nichts, das hat mir bisher noch keiner anstaendig erklaeren koennen, auch wenn ich schon viele Leute gefragt habe.

Ja und nein… Ich kann mir keinen (nicht-kovalenten)
DNA/Protein-Komplex vorstellen, der einem PCNA-gekoppelten
Transkriptionskomplex widersteht (rein thermodynamisch,
versteht sich…). Ich dachte, die TCR sollte damit keine
Probleme haben. Der Rest ist absolut klar.

Beispiele finden sich zu Hauf. Ein Beispiel ist ein DNA-Repressor-Komplex. Zusaetzlich sind aktiv transkribierte Bereiche der DNA ein grosses Problem, insbesondere wenn es zu einer head to head collision zwischen DNA und RNA-Polymerase kommt. Wenns Dich interessiert, dann schau Dir mal u.a. den Artikel von Cox et al., The importance of repairing stalled replication forks, Nature 2000, 4(6773), Seiten 37-41 an.

Auf die Schnelle weiß ich jetzt nur einen Artikel:
Chakraverty et al., 1999, Defending genome integrity
during DNA replication: a proposed role for ReqQ fymily
helicases; Bioassays 4 (21), Seiten 286 - 294

Interessant: das WRN-Protein (defekt bei Menschen mit
Werner-Syndrom) ist eine ReqQ-homologe Helicase !

Eben drum! :o)

Womit beschäftigst Du denn, wenn Du Dich gerade nicht mit
Altern beschäftigst?

Tja, das wüßte mein Chef auch gerne… Mein Projekt ist
überschreiben mit „Entwicklung routinefähiger Methoden für die
molekulare Tumordiagnostik“. Da beschäftige ich mich mit
Anwendungen von real-time Q-PCR Methoden.

real-time PCR ist ja kein Problem, aber was ist das Q?

Und selbst ?

Ich untersuche ein spezielles Reparatursystem in Saccharomyces cerevisiae, welches bisher nicht charakterisisert ist und an dem ein Protein beteiligt ist, welches Sequenzhomologien zu ReqQ besitzt…

Beste Grüße,
Jochen

Dito,

Christian

[Jo1_a88223]

Tach !

Aha, dann ist die Chemie-Adresse also nur Tarnung! Offenbar
bist Du ein Leidensgenosse… :o)

Ja, das „Chemie“ steht da, weil ich im Chemie-Gebäude sitze. Keine Ahnung, wer sich das ausgedacht hat… aber immerhin am Inst. für Biochemie, also doch irgendwie Chemie.

Beispiele finden sich zu Hauf. Ein Beispiel ist ein
DNA-Repressor-Komplex. Zusaetzlich sind aktiv transkribierte
Bereiche der DNA ein grosses Problem, insbesondere wenn es zu
einer head to head collision zwischen DNA und
RNA-Polymerase kommt. Wenns Dich interessiert, dann schau Dir
mal u.a. den Artikel von Cox et al., The importance of
repairing stalled replication forks, Nature 2000, 4(6773),
Seiten 37-41 an.

Faszienierend, wie konsequent man manchen Sachen ausweichen kann. Ich erinnere mich dunkel, daß ich davon sogar schonmal gehört habe… Wenn das mein Chef liest, läßt der mich steinigen…(also, weil mir das nicht gleich bekannt war).

real-time PCR ist ja kein Problem, aber was ist das Q?

Ähm, real-time ist schon ein Problem - finde ich. Das Q steht für quantitativ (das Q auf meiner Personalakte für Querulant).

UND SELBST ?

Grüße
Jochen

[Anonym]

Moin!

Faszienierend, wie konsequent man manchen Sachen ausweichen
kann. Ich erinnere mich dunkel, daß ich davon sogar schonmal
gehört habe… Wenn das mein Chef liest, läßt der mich
steinigen…(also, weil mir das nicht gleich bekannt war).

Kommt immer wieder vor. Ein Bekannter hat mir erzählt, daß er Praktikum in einem Labor gemacht hat, wo sich plötzlich herausstellte, daß das Ergebnis des Forschungsgegenstandes vor zwei Monaten von einer anderen Gruppe publiziert worden war. Und keiner hatte den Artikel (in einem gängigen Journal) gesehen. Das ist dann natürlich richtig bitter… :o)

Ähm, real-time ist schon ein Problem - finde ich.

Naja, Firmensprache. Es muß halt gut klingen!

Das Q steht
für quantitativ (das Q auf meiner Personalakte für Querulant).

Jetzt hab ichs!

UND SELBST ?

Hat Dir die Andeutung vom vorigen posting nicht gereicht? :o)
Dann kann ich Dir jetzt mit meinem neuen Wissen antworten: ich mache u.a. Q-PCR - allerdings ohne real-time. Ich messe mit Hilfe von PCR die Entstehung von DNA-Schäden sowie die Reparatur von DNA-Schäden in einer S.c.-Mutante gegenüber dem Wildtyp. Das geht, sofern die die Schäden replikationsarretierend sind, weil dann die Fragmente mit Schäden nicht exponentiell amplifiziert werden, sondern nur linear. Ist zwar nicht die exakteste Methode der Welt, aber sie tut ihren Zweck! Willst Du noch mehr wissen? Dann sollten wir vielleicht auf Mails umsteigen um nicht aus dem Forum geworfen zu werden… :o)
Viele Grüße von

Christian
*dersichgeradefragtwarumdiePCRmalwiedernichtklappt*