Hallo,
zunächst einmal entschuldige ich mich dafür, dass ich erst jetzt antworte (Ich hab die Email mit der Anfrage heute erst gesehen).
Ich habe deine Frage jetzt noch nicht genau verstanden.
Also du nutzt Hypersonic um Midiinstrumente einzuspielen bzw. zu erzeugen und möchtest diese in der Cubase aufnehmen?
Normalerweise sollte es in den VST-Verbindungen (öffnen mit F4) entsprechende Busse geben wo du die einzelnen „Eingänge“ des Interfaces (was in diesem Fall ein Software Interface sein sollte) jeweils Eingängen zuweisen kannst. Wichtig dabei: Darauf achten ob du MONO oder Stereo reinkommst.
Das solltest du in einer chronologischen Reihenfolge tun.
Jetzt kannst du dir in deinem Projektfenster von der Cubase mehrere Audiospuren erstellen. Hierbei auch wieder genau drauf achten, ob du Mono oder Stereo arbeiten möchtest.
Jetzt kommt noch ein wichtiger Schritt (den ich selbst am Anfang auch immer vergessen habe): Die eben angelegten Eingänge der Cubase, heißen typischerweise MonoInX oder StereoInX (X stehet für eine Zahl), musst du jetzt den entsprechenden Spuren zuweisen.
Das machst du indem du auf die Spur klickst. Hier sollte jetzt links im Projektfenster so eine Art Kanaleinstellung zu sehen sein. Dort kannst du den „In-Bus“ auswählen. Standardmäßig ist dieser auf MonoIn bzw. StereoIn. Einfach draufklicken und gewünschten Bus einstellen.
Da ich Hypersonic nicht kenne, und nicht weiß, wie die beiden Programme miteinander Reden ist die Vorgehensweise jetzt an ein Hardwareinterface angelehnt. Wenn Hypersonic ein Softwareinterface hat (wovon ich ausgehe) dann müsste das eigentlich so funktionieren.
Dann kannst du auch deine Spuren seperat aufnehmen und bearbeiten mit entsprechenden Inster-Effekten und Equalizern … 
Ich hoffe ich konnte dir helfen.
PS: Ich seh jetzt nur eine Frage, du hattest aber mehrere angekündigt?