Bioinformatik Log-Likelihood Score

Wissenschaft Informatik
#1

Hallo, ich habe hier eine Übungsaufgabe zur Klausur, komme jedoch nicht weiter. Ich hoffe, dass ihr es mir verständlich machen könnt. Im vorraus schon einmal vielen Dank!!!
Also hier die Aufgabe: Bestimmen Sie an jeder Position des Motivs für jedes der 4 Nukleotide den Log-Likelihood Score.Die Hintergrundwahrscheinlichkeiten der Nukleotide im Genom von Drosophila sind dabei: Pb(A): 0,3 Pb(T): 0,3Pb©:0,2 Pb(G): 0,3
Hier das Sequenz Motiv:

  1. A A T A G
    2, A A T T G
    3 A C T T G
    4 A A T A G
    5 A C T T G
    6 A C T T G

Brauche ich für die Rechnung dann die relativen Häufigkeiten der Nukleotide und nehme die dann mal und den log daraus? Aber was soll ich mit den Hintergrundwahrscheinlichkeiten noch machen? Vielen Dank!

#2

Hallo,

meine Vermutung ist, dass Du über die Binomialverteilung gehen musst, um herauszufinden, wie wahrscheinlich du -rein zufällig, also wenn es das Motiv nicht gäbe- bei 6 Individuen an einer Stelle im Genom genau n-mal das Nukeotid X bekommst. Dazu brauchst du die Hintergrundwahrscheinlichkeiten.

LG
Jochen