Erwartungswert von zeroinflated Poisson verteilung

Wissenschaft Mathematik
#1

Hallo

Ich hab eine recht spezielle Statistik Frage zur Analyse von Sequenzier Daten:

Auf einem zufaelligen Genome Abschnitt weiss ich wo sequenzierte Reads anfangen. In einem transkribierten Abschnitt sollten sie Poisson verteilt sein. In einem nicht-transkribierten Abschnitt sollten sie (abgesehen von rauschen) null sein. Ich weiss aber nicht welche Abschnitte transkribiert und welche nicht transkribiert werden. So weit mal das Grundproblem.

Ich habe also read counts per position und möchte darauf ein zero-inflated Poisson Distribution anwenden. Genauer gesagt möchte ich λ berechnen welches den sozusagen „zero deflated“ anteil der distribution beschreibt (da sind natürlich immer noch manche nullen drinn, aber nur so viele wie durch die daten und λ einwandfrei zu erklären sind.

Ich mache das ganze in R:

wenn ich eine Verteilung mit λ=0.75 generiere und die noch um 10 Nullen inflate

X

#2

Ola Fabian,

das ist keins meiner Fachgebiete …
cu
markus

#3

Hallo,

ich kenne mich da wenig aus, würde aber an anderer Stelle suchen.

Mache aber mal folgendes in R:
install.packages(„sos“)
library(sos)
???„zero inflated poisson“

Schau dann mal bei den Treffern nach, ob da nichst dabei ist.

VG, WalterH.

#4

Hallo,

bin leider kein R-Profi. Tut mir Leid.

#5

Tut mir Leid, ich kann dir leider nicht helfen.

Viele Grüße
Björn

#6

In r gibt es bereits Packet für eine zero-inflated poisson regression z.b. http://rss.acs.unt.edu/Rdoc/library/pscl/html/zeroin…

dein code könnte also so aussehen (hab selbst noch nicht mit dem Packet gearbeitet):

fm = zeroinfl(„Y ~ 1“, data=X);
coefs = fm@coefficients;
print(coefs[‚count‘]); #hier sollte dein \lambda stehen

Ich bin mir nur nicht ganz sicher wie coefs aus sieht, aber da wird stehen, wonach du suchst.

#7

Hi Fabian,

das hie sollte helfen:
http://cran.r-project.org/web/packages/pscl/vignette…
Grüße,
JPL

#8

Hallo,

leider kann ich Ihnen in diesem speziellen Fall nicht helfen.
MfG
Schulte

#9

das anliegen ist vermutlich nicht mehr aktuell… oder?

www.MaSta-Support.de