In unserem Labor stossen wir immer wieder auf das Problem einer sehr hohen Varianz unserer RealTime-PCR Ergebnisse. Meine Frage zielt daher darauf ab, ob ich Messwerte, deren CT-Wert oberhalb des kleinsten Standard-CTs liegen, überhaupt berücksichtigen darf oder als „nicht stimuliert“ interpretieren muss. Z.B. haben ich in der Standardkurve für Coll Typ I bei einer Konzentration von 0.05 ng einen CT-Wert von 29.28. Wenn ich in meiner Probe dann einen CT-Wert von 32.47 hätte, ergebe sich daraus durch Extrapolation theoretisch eine Konzentration jenseits von 0.05 ng, was schließlich ja eigentlich die untere Nachweisgrenze in meiner Messung darstellen sollte. Eine plausible Erklärung parat? Danke Michael
Hallo Michael,
die hohen Varianzen deuten doch darauf hin, dass Deine Methode in niedrigen Konzentrationsbereichen nicht mehr reproduzierbar funktioniert. Ich würde die Standards auch in diesen Bereich und darüber hinaus hineinverdünnen und dann mal sehen wie Replikate so laufen. Zudem solltest Du beachten (falls nicht schon geschehen), dass aufgereinigtes Standardmaterial oft nicht der eigentlichen Probenmatrix entspricht und somit eine bessere Performance vortäuschen kann als mit den wirklichen Proben erreichbar. Generell müssen aber die Standards, insofern welche eingesetzt werden sollen, den Bereich der Proben abdecken.
Viele Grüße
Jens