Moin,
zunächst mal zum Thema der Firma, die es gemacht hat.
Hier muss man erstmal genauer schauen was beauftragt wurde. Einen Dielenboden zu schleifen und zu versiegeln ist die eine Sache. Das Verfüllen der Fugen eine andere. Dies ist nicht direkt Bestandteil des Auftrags. Nur wenn dies explizit mit beauftragt wurde, kann man es auch reklamieren.
Nun zu den Fugen:
Die ganzen DIY Varianten taugen absolut nichts. Im Zuge von Schleifarbeiten kann man sowas machen, dann wird es ganz Ok weil es farblich passend wird. (Masse wird mit dem Schleifstaub des Bodens angemischt und dadurch farblich angepasst).
Andere Materialien einzubringen, die nicht exakt identisch sind, werden stark sichtbar. Durch die unregelmäßigen Fugen bei alten Böden sieht es wirklich nicht schön aus.
Am Ende bleibt aber gesagt: Es handelt sich um einen Holzboden. Dieser Arbeitet sehr stark. Er Quillt und Schwindet je nach Temparatur und damit Feuchtigkeit. In der Breite kann dies bis zu 10% sein. Im verbauten Zustand ist es nicht so viel, aber 2-3 % könnten schon sein. Bei einer Dielenbreite von 150 mm können das somit gut schonmal 3-4 mm werden. Wenn dies passiert, dann wird jegliche Spachtelmasse aus den Fugen sich wieder lösen. Ist die Konstruktion nicht 100% stabil gebaut, dann kann man davon ausgehen, dass durch das unterschliedliche durchbiegen der einzelnen Dielen auch noch weitere Schwachpunkte entstehen.
Fazit: Entweder durch einen Fachbetrieb das ganze noch einmal schleifen lassen und dann die Fugen verfüllen lassen, oder eben Fugen im Dielenboden akzeptieren. Für mich persönlich gehören sie auch dazu 
