Hallo Zuhn,
sorry, aber das Wochenende war zu schön um Mails zu lesen.
Jetzt zu deiner Frage.
iBooks ist nicht mit iCloud verknüpft. Bücher und anderen Lesestoff, den du dir über den Bookstore holst ist über den Store und deinen Account natürlich auf deinen anderen Geräten mit dem gleichen Account verfügbar aber deine manuell hochgeladenen Dateien werden darüber Gott-sei-Dank nicht übertragen.
Über die iCloud werden Dokumente für iWorks, MS-Office und so synchronisiert und Apps die iCloud unterstützen können darauf lesend und schreibend zugreifen. PDF-Dokumente sind dabei offenbar aussen vor, wie man in Apple Foren lesen kann. Man kann zwar über die Vorschau auf dem i-Device PDF in der iCloud ablegen aber aktuell nur über die Vorschau wieder darauf zugreifen.
Um dein Wunsch-Szenario zu erreichen müsstest du einen anderen Weg ohne iCloud und iBooks gehen. Mit einer DropBox und einer DropBox-kompatiblen Reader-App kommen die Dokumente dahin wo du sie lesen willst. Ich hab von der App „GoodReader“ gelesen kann dir aber dazu nichts weiter schreiben, da ich persönlich die App nicht kenne.
Ich stehe eher auf dem Standpunkt, dass ich die Dokumente lieber nur auf dem iPad lese, weil das einfach viel bequemer ist als auf dem kleinen iPhone Display und daher synchronisiere ich nur auf dem iPad Dokumente in iBooks. Das meiste mache ich aber über DropBox.
Dropbox kann ich soweit empfehlen. Ich synchronisiere Dateien auf mehreren Rechnern darüber und kann auch vom iPhone/iPad oder einem Browser jederzeit darauf zugreifen. 2GB sind kostenlos. Bei Interesse melde dich über diesen Link an wodurch wir beide 500MB mehr Platz umsonst bekommen. http://db.tt/sr1L3wV
P.S. Arbeite nicht bei DropBox! Ich dachte nur mit der Empfehlung lohnt es sich für beide (25% mehr Speicher für lau).