Normalerweise sind die Kontakte und Mails auf dem Rechner gespeichert.
Eine Übertragung von 3GS auf 4S funktioniert nicht, weil das iPhone 3 nur mit iOS4.x arbeitet, daß iPhone 4 aber mit iOS5.x arbeitet. Daher ist eine Backup Übertragung unmöglich, weil hierbei auch das Betriebssystem mit übertragen wird, und ein iPhone 4S kann nicht mit iOS4.x betrieben werden.
Eigentlich sollte als Basis der Daten, wie Musik, Bilder, etc. iTunes dienen, hier sollte im Synchronisationsordner entsprechend alles so eingestellt sein, daß ALLE Daten sauber auf dem PC abgelegt sind und werden, damit diese, beim Wechsel oder Defekt des iPhones auch wieder aus diesen Verzeichnissen auf das neue iPhone hergestellt werden könne.
Kontakte werden aus dem Adressbuch synchronisiert und übertragen.
Daten über die Voreinstellungen des iTunes - dies sind Bücher, Musik, Bilder und App bezogene Daten.
Damit wird auch der Mail Account synchronisiert
Allerdings: SMS sind Telefon abgelegte Daten - diese lassen sich nicht übertragen, weshalb man wichtige Informationen NICHT über SMS übermitteln sollte.