Moin,
kenne ich zwar nicht, aber…
… ich kann als root systemweite Software installieren indem ich z.B. einen Paketmanager verwende (synaptic/apt, dpkg, …) oder ein Installationsscript einer Software („setup“ oder make install) oder ich kann die notwendigen Dateien auch selbst von Hand im System „verteilen“.
Nur weil dein synaptic/apt die nicht findet (weil sie nicht in der Paketliste eingetragen wurde) heißt nicht, dass sie nicht installiert ist.
…ich kann mir als User auch selbst Software „installieren“ (z.B. in einem eigenen Verzeichnis unterhalb von ~ ) und ich kann mir auch meine Menüeinträge selbst gestalten. Wir sind ja nicht unter Windows 
Dann habe ich z.B. das von dir beschrieben Verhalten, dass root unter synaptic/apt/dpkg die Software nicht listet, sie aber im Menü stehen und auch laufen kann! Auch kann man so mehrere Versionen eines Programms verwenden, kein Problem.
Was steht in deinem Menüeintrag denn drin, wo dein vlc liegt? Vermutlich geht das über die rechte Maustaste, dann Eintrag bearbeiten oder so.
Wie ist es möglich, daß ein Progamm in Terminal und Synaptic als nicht installiert angezeigt wird, dennoch aber aufrufbar, jedoch nicht zu deinstallieren ist ???
Du kannst als root und deiner Programmverwaltung auch einfach vlc „noch mal“, also systemweit installieren. Was dann bei einem Start geschieht kommt darauf an.
Was sagt denn
ls -la /usr/bin/vlc
?
Wenn das vorher ein Link auf zB /opt/… war oder gar nicht vorhanden, wird dann wohl die über die Programmverwaltung installierte Version starten.
HTH,
J~
PS: ich [MOD] habe den Thread mal ins passendere Brett hier verschoben
