Ich kenne keine Software, die alle deine Anforderungen erfüllt. Eigene Erfahrung habe ich mit TiddlyWiki und Joplin. Beide sind portabel, zumindest laufen sie auf Windows, Android und Linux.
TiddlyWiki benötigt keine Installation, es läuft mit Javascript in jedem Browser, der Javascript unterstützt. Die Daten liegen in einer einzigen Javascript-Quelldatei. Das bedeutet, dass man sich um die Synchronisation der Daten selber kümmern muss. Die Einträge werden mit Markdown formatiert, ähnlich wie hier bei WWW. Die Struktur wird über Hyperlinks hergestellt, also keine Baumstruktur. Wie es mit Export aussieht, kann ich nicht sagen.
Joplin hat Baumstruktur, Markdown-Formatierung und Exportfunktion, erfordert aber die Installation einer App. Die Daten werden in einer anwendungsspezifischen Dateistruktur abgelegt. Man kann die Daten zentral in einer Cloud ablegen.
Die von @Little_H erwähnten DokuWiki und WikidPad benötigen meines Wissens einen Webserver. Das wäre mir für eine Single-User-Nutzung zu aufwändig. Zim kenne ich nicht.
Wenn man auf Baumstruktur verzichten kann, wäre mein Tipp TiddlyWiki. Das ist auch meine aktuelle Lösung. Nachdem ich jahrelang meine Notizen strukturiert abgelegt habe, habe ich irgendwann festgestellt, dass ich die Struktur überhaupt nicht für den Zugriff nutze, sondern immer mit der Freitextsuche nach Stichworten suche.
Wenn Struktur wichtig ist, würde ich Joplin ausprobieren. Allerdings habe ich damit keine aktuelle Erfahrung und einen kleinen Vorbehalt bezüglich Stabilität und Support.