Hallo oli51088,
ich hatte noch nicht ‚das Vergnügen‘ von daher kann ich keine Erfahrungswerte weitergeben.
In der Regel hockt Malware dort wo sie aktiv ist.
FTP-Daten zu ändern wird also ergenislos bleiben da die Malware ja nicht mehr Eindringen muß. Weißt Du aber schon 
Das Problem ist wahrscheinlich ein ausführbares Server-Script (PHP,CGI, Perl o.ä.).
Hast Du ein Serverscript auf Deinem Host solltest Du dieses vorrübergehend deaktivieren um zu prüfen ob es die Malware beinhaltet.
Hast Du keines oder ändert sich nichts dadurch mußt Du die Verzeichnisse oberhalb Deines Rootverzeichnisses durchstöbern.
Kommst Du dort nicht hin oder wirst nicht fündig bleibt nur noch den Serviceprovider Deines Hosts zu kontaktieren.
Bei wem hostest Du Deine Website?
LG. der Rosslauer