Microarray Auswertung mithilfe von R

Computer: Software & Programmierung Programmierung allgemein
#1

Lieber wer-weiß-was Experte,

für meine wissenschaftliche Arbeit möchte ich gerne Microarray Daten, die im Excel Format vorliegen, auswerten. Das Ziel soll sein, die Daten in der sogenannten Heat Map darzustellen oder in einer anderen graphischen Darstellung.

Im Internet habe ich die Möglichkeit gefunden, dies mit der free Software „R“ machen zu können. Nun tu ich mich leider etwas schwer mit der Auswertung. Könntest Du vielleicht mir eine genaue Schritt-für-Schritt Erklärung empfehlen oder selber geben?

Für Deine Hilfe bin ich sehr dankbar,

viele Grüße,

Rike

#2

Hallo Rike,

eine ganz einfache Anleitung kann ich nicht geben, dazu ist das Thema schon zu komplex. Aber bioconductor (http://www.bioconductor.org) ist das Paket, das du in R einbinden mußt. Die Hilfeseiten sind da ganz gut (http://www.bioconductor.org/help/workflows/oligo-arr…) und Google kann dir sicher auch ein paar Anleitungen liefern, die dann speziell auf deinen chip zugeschnitten sind.

Außerdem würde ich dir mal einen Blick auf das Programm MeV von tm4 empfehlen (http://www.tm4.org/mev/). Das ist auch FOSS, leicht zu bedienen (ohne Statistik-Diplom), etablierter Stand der Technik und hat alle relevanten Statistikalgorithmen integriert (und auch eine ganz gute Dokumentation).

Viel Erfolg

Alexander