Liebe Experten!
Ich möchte gerne potentiell vorhandene microRNAs in Pflanzenextrakten abbauen und frage mich, welche RNAsen zum Abbau von miRNAs geeignet sind? Bin für jede Anregung dankbar.
Schöne Grüße, Nadine
Sorry, ich arbeite leider nicht mehr mit Pflanzen und bin deshalb nicht der richtige Ansprechpartner.
Hey Nadin,
das ist leider nicht so einfach, da es keine miRNA-spezifische ExoRNAsen gibt. Exoribonucleasen unterscheiden nicht zwischen mi/si/sonstiger RNA.
Du kannst aber einfach einen RNA-Inhibitor zugeben, solltest du irgendwelche Probleme seitens der RNA erwarten.
Um miRNAs zu untersuchen, gibt es 2 Methoden, entweder schaltest du spezifische miRNAs aus oder du exprimierst sie über.
Ich hoffe, ich konnte dir n bisschen helfen.
Viele Grüße
Nina
Hi,
ich weiß es nicht, aber ich wüsste, wie ich suchen müsste.
Identifiziere ein paar Papers von anerkannten Pflanzen-mRNA-Päpsten und gucke in den Material & Methoden-Teil. Falls es da nicht steht, schreibe die Päpste direkt an. Da hast Du Infos aus erster Hand und nicht von halbgaren Bachelor-Studis 
Gruß,
Ivo
Liebe Nadine,
tut mir sehr leid - mein Gebiet ist eher der Human-Gentransfer… sorry!
Alles Gute für Deine Recherche & Deine Untersuchungen!
litterae
Trotzdem Danke für Deine Antwort!
Hallo Nina!!
Ersteinmal Danke für deine Hilfe. Das macht nichts, wenn die RNAse nicht spezifisch ist. Hauptsache, die microRNAs werden auch mitzerstört. Welche der RNAsen ist denn wohl die effektivste dafür?
LG, Nadine
Danke für deine Antwort. Und das werde ich wohl machen müssen, da die Frage vielleicht doch etwas zu spezifisch ist.
LG, Nadine
Danke trotzdem für deine Antwort!!
Hey Nadine!
Darf ich fragen, was das Ziel deines Versuchs ist? Vielleicht gibt’s da ja auch nen ganz anderen Ansatz
Ansonsten würd ich sagen: RNase A ist sehr effektiv, daher würd ich auch mal tippen, auch bei miRNAs.
Ich weiß ja nicht, wie du deine Extrakte behandelt hast, aber vorher nochmal kurz aufkochen wäre empfehlenswert, da sich die RNA-Stränge dadurch auftrennen und durch die RNase abgebaut werden können. Doppelsträngige RNA ist einiges stabiler.
LG
Nina
Hallo Nadine,
die Befragung meiner Kollegin, die auch schon lange mit microRNAs arbeitet hat ergeben, dass es wohl unmöglich ist die microRNAs zu verdauen. Sie hat wohl alles was bestellbar ist und der Gefrierschrank hergibt, an RNAsen probiert und wahrscheinlich sind die microRNAs zu klein, um RNAsen zu binden.
Beste Grüße
Marcus Wirth
Vielen vielen Dank für die Antwort. Das hilft mir sehr. Ich habe es mir schon fast gedacht, nachdem meine Suche so erfolglos verlief. Verflixt…
Gibt es evtl. eine geschickte Alternative zu RNAsen? Ich würde mich auch mit etwas unspezifischem zufrieden geben, wie einem Verfahren dass alle Nukleinsäuren abbaut (Hitze oder Strahlung z.B.?). Mir ist nur wichtig, dass es auch die miRNA trifft.
Tausend Dank für die Hilfe!
Liebe Grüße, Nadine
Leider ist mir dahingehend nichts bekannt. Meine Kollegin wäre aber auch an einer solchen Methode interessiert.
Viele Grüße
Marcus Wirth
Falls es Deiner Kollegin etwas nutzen sollte: Habe gerade herausgefunden, dass das Enzym SDN1 und SDN2 (small RNA degrading nucleases) pflanzliche miRNAs abbauen kann. Bei tierischen soll es wohl ein ähnliches geben. Aber scheinbar sind diese nicht bestellbar, jedenfalls habe ich noch keinen Anbieter gefunden.
Jedenfalls vielen Dank für Deine Hilfe und auch die Hilfe Deiner Kollegin 
Ich melde mich einfach noch einmal, wenn/falls ich die Lösung des Problems gefunden habe…
Hallo Nadine,
vielen Dank für den Tip. Ich leite ihn an meine Kollegin weiter. Viel Erfolg!
Gruß
Marcus
exoRNase können miRNAs abbauen. Habe hierfür noch ein gutes Poster gefunden:
http://www.nature.com/nrg/posters/regulation/regulat…
Grüße,
Theo