Welchen Anbieter nutzen Sie denn? (Einige Anbieter bietet zumindest in den Einstellungen noch die Möglichkeit ssh separat zu aktivieren)
Ansonsten könnten Sie es noch mit php probieren, da Sie ja zumindest einen FTP Zugang benötigen könnten Sie versuchen den Befehl via shell_exec() mit php auszuführen, ich würde dieses Vorgehen jedoch nicht empfehlen, da Sie wahrscheinlich keine sichtbare Ausgabe haben und auch sonst auf mögliche interaktive Abfragen nicht reagieren können.
Haben Sie schon versucht sich an den technischen Support zu wenden?
Unabhängig davon erscheint es mir aber fragwürdig owncloud auf einem Server zu betreiben, zu dem Sie keinen Zugang haben. Die Daten zu verschlüsseln macht in diesem Zusammenhang in meinen Augen nur begrenzt Sinn, da ein fremder den vollständigen Zugriff zu ihrem System verwaltet. (Zumindest hört sich dies nach ihrer Beschreibung so an) Sofern ich mich gerade richtig erinnere liegen die privaten Schlüssel in auch auf dem Server.
Owncloud: data/owncloud_private_key
Öffentlicher Schlüssel für alle Benutzer: data/public-keys
Privater Schlüssel des Nutzers: data/%user%/files_encryption
In meinen Augen macht es in ihrem Fall mehr Sinn den Anbieter zu wechseln, Sie bekommen bereits für <10€ einen eigenen VServer, müssten sich dann aber natürlich auch um die ganze administrative Arbeit kümmern. (Dafür haben dann aber nur Sie den Zugang zum System)