Java ist eine Objekt orientierte Programmiersprache die mit einem dazwischen gesetztem code arbeitet. Deutschlich schneller als so mancher KlarText Interpreter , aber auch deutlich langsamer als reiner Maschinencode .
JavaScript läuft normalerweise im Browser . Es gibt aber unzählige Systeme womit heut zu tage auch javascript auf der server seite eingesetzen kann.
JavaApplets sind wiederum in HTML als object eingebundene Java basierte Programme , die im Browser via JavaPlugin eingebettet werden können.
Da das verhalten als Applet etwas anders ist, muss man das ganze neu verpacken .
Es gibt aber auch JavaServerPages , das generiert dann entsprechend z.b. HTML Output (z.b. Formulare etc als Webfrontend) .
Und es gibt client server java . funktioniert auch gut übers web 
liegt halt daran was du genau wolltest 
Hier nochmal warum JavaScript JavaScript heist , warum Java Java ist und warum das eine vom anderen den Namen hat