Es gibt verschiedene Möglichkeiten.
Als häufigste wird die Rotverschiebung der Strahlung im All verwendet. Man hat festgestellt, daß das Licht von Sternen umso stärker in Richtung rotes Spektrum verschoben ist, je weiter der Stern entfernt ist. Der Entfernteste Stern den man findet definiert dann sozusagen die Grenze des Alls.
Zum Eichen, der Messmethode der Rotverschiebung braucht man aber andere Entfernungsangaben. Dazu verwendet man „Standartkerzen“ also Objekte im All von dem man die absolute Helligkeit kennt. Solche Standartkerzen können zB. Supernovae sein. Diese haben alle die gleiche Helligkeit. Zumindest geht man davon aus, absolute Sicherheit gibt es dazu nicht. Aus der Absoluten Helligkeit und der Helligkeit hier auf der Erde (also wieviel Licht hier von dem Stern ankommt) kann man dann die Entfernung errechnen.
Übrigens halte ich Deine Angabe von 46 Milliarden Lichtjahren für zu klein. Das All ist wesentlich größer. Genaue Daten habe ich aber gerade nicht da.