Die eigentliche Frage ist doch aber bereits beantwortet, Du fandest die Antwort allerdings unlogisch.
Ich wiederhole nochmal: Die Zeit vergeht in einem stark beschleunigten System (oder in einem Feld starker Gravitation) langsamer. Und es gibt keine absolute Zeit.
Nimm ein einzelnes Photon, etwa das erste, dass bei der Explosion der Sonne emittiert wurde, fuer dieses steht die Zeit. Das Photon kann nicht zurueckblicken und die Sonne noch lebend sehen. Das Photon kann auch nicht zur Erde gucken und sehen, wie spaet es bei uns ist, weil es dort noch nicht angekommen ist und die Relativitaetstheorie nicht zulaesst, dass sich etwas schneller als mit Lichtgeschwindigkeit bewegt.
Waehrend das Photon nun auf dem Weg zur Erde ist, vergeht bei uns ganz normal die Zeit, ca. 8 min dauert es, bis es ankommt. Nun ja, wenn es denn ankommt, dann berichtet es uns von dem aktuellen Ereignis, dass die Sonne explodiert ist. Nochmal, aus Sicht des Photons ist gerade jetzt die Sonne explodiert, es war ja das erste Photon, was es unmittelbar nach diesem Ereignis gab. Aus Sicht der Erdenbewohner ist dieses Photon allerdings 8 Minuten alt, deren Uhren sind offenbar schneller gelaufen. Soweit die SRT.
Nun zur Allgemeinen Relativitaetstheorie (die mit der Gravitation). Die Voraussetzung ist, dass man erkennt, dass Beschleunigen und Gravitation aequivalent sind. Wenn man also die Lichtgeschwindigkeit als Konstante annimmt (Ergebnis der SRT), dann muss man doch die unterschiedlichen Uhrzeiten irgendwie damit in Einklang bringen, die SRT sagt ja, beschleunigte Systeme entschleunigen die Uhren. Nun ja, Einsteins Idee ist, dass man eben mehr „Weg“ braucht, damit die Geschwindigkeit wieder stimmt. Komplett salopp formuliert: mehr „Weg“ durch normale Zeit ist gleich normaler Weg durch kuerzere Zeit. Wie bekommt man also mehr „Weg“ auf gleichem Raum? Man kruemmt den Weg, man laeuft anschaulich gesagt, eine kleine Schlaengellinie, das ist Einsteins gekruemmte Raumzeit unter Gravitation.
Also zusammengefasst, Gravitation kruemmt die Raumzeit, Lichtgeschwindigkeit ist konstant. Fuer Leute, die auf der Kruemmung leben ist der Weg ja laenger, also muss es auch langer dauern, bis man die Kruemmung durchlaufen hat, heisst also: die Uhren fuer Leute auf der Kruemmung gehen langsamer. Die ganzen Erkenntisse kommen komplett ohne Massen aus, wenn man Gravitation (und damit Massen) nicht will, dann beschleunigt man das ganze System halt und erhaelt das gleiche Ergebnis.
Und nun nochmal die klipp und klare Antwort auf die Originalfrage: Nein, Gravitation wirkt nicht auf die Atome, sondern auf die Zeit. Alle Prozesse, die mit der Zeit gekoppelt sind laufen exakt gleich ab, nur halt mit kuerzerer oder laengerer Zeit. Und nein, es gibt keine Zeit unabhaengig von jedem Bezugssystem.