Hallo,
ich wollte mal fragen, mit welcher Software man z.B die Adsorbtion eines Moleküls an einer Oberfläche simulieren kann.
Es geht mir um die Visualisierung physikallischer Vorgänge auf Nanoskala.
Viele Dank
Ps. Tipps in Sachen Opensource sind willkommen
Hallo,
ich wollte mal fragen, mit welcher Software man z.B die
Adsorbtion eines Moleküls an einer Oberfläche simulieren kann.
*Eines* Moleküls?
Es geht mir um die Visualisierung physikallischer Vorgänge auf
Nanoskala.
Wieviele Moleküle brauchst Du denn? Und wie sieht
die Oberfläche aus (wie *genau* ist diese zu
modellieren?).
Grüße
CMБ
verstehe diese fragen nicht,
das mit dem molekül war ein beispiel,
man stelle sich ein komplexes molekül, welches herangeflogen kommt und eine veränderung der kristallinen oberfläche bewirkt, nur als beispiel.
grüße
Moin,
vielleicht wäre GDIS was für Dich:
Läuft allerdings nur auf Linux.
Falls man keine Linux-Kiste hat kann man sich über http://damnsmalllinux.org recht schnell eine Linuxumgebung zum Testen (auch innerhalb von Windows) zaubern.
Oder man nimmt eine Live-Linux-CD aus irgendeiner Zeitschrift.
Gruß Hans
[Bei dieser Antwort wurde das Vollzitat nachträglich automatisiert entfernt]
Hallo,
verstehe diese fragen nicht,
Ich verstehe Deine Antwort nicht.
das mit dem molekül war ein beispiel,
Dann versuche doch mal *konkret* zu sagen, was
Du machen möchtest.
man stelle sich ein komplexes molekül, welches herangeflogen
kommt und eine veränderung der kristallinen oberfläche
bewirkt, nur als beispiel.
Aha, also doch nicht nur „ein beispiel“. Was soll sich
denn verändern? Die Elektrostatik? Die Kristallstruktur?
Warum soll sich überhaupt etwas verändern, es ist ja eine
„Adsorption“, wie Du im Eingansgposting schrubst.
Wie komplex ist ein „komplexes Molekül“? Wie genau ist
die Oberfläche Beschrieben, nach welchen Modellen?
Es wird schwierig werden eine Antwort zu geben - wenn
Du gar nicht verraten willst, worum es geht …
Grüße
CMБ
Hallo Semjon,
was ich evt. simulieren möchte, ist z.B ein NH_3 Molekül, welches auf eine Oberfläche andockt, wobei es nicht unbedingt ein Amoniak-Molekül sein soll, sondern irgend eins, steht halt noch nicht fest.
Muss man denn das Problem ganz genau beschreiben, um herauszufinden, welches Simulationsprogramm das richtige ist, oder warum soll ich genaue Angaben machen. Ich könnte doch auch einen herabrollenden Ball simulieren, oder Elektronen die auf Ellipsen um einen Atomkern herumkreisen.
Ich möchte nicht mathematisch simulieren, sprich einen Satz von Differentialgleichungen numerisch lösen, sondern einfach meine Phantasie visuell darstellen.
Viele Grüße
Hallo
was ich evt. simulieren möchte, ist z.B ein NH_3 Molekül,
welches auf eine Oberfläche andockt, wobei es nicht unbedingt
ein Amoniak-Molekül sein soll, sondern irgend eins, steht halt
noch nicht fest.
Die Frage hierbei wäre, *was* für Dich bei einem
*Computerexperiment* (Simulation! im Gegensatz zur
reinen Visualisierung) als Resultat interessant
wäre. Genau danach muß Du nämlich eine modellhafte
Beschreibungsstufe Deiner „Moleküle“ wählen.
Sprich: eine „Simulation“ unterwirft ein Modell-
system (welches eine bestimmte Abstraktionsstufe
konsistent einhält) einem dafür geeigneten Formalismus.
Muss man denn das Problem ganz genau beschreiben, um
herauszufinden, welches Simulationsprogramm das richtige ist,
Ja, das muß man definitiv. Das kommt daher, daß
bestimmte zu ermittelnde Eigenschaften der „Moleküle“
auch bestimmte Näherungen bzw. „vereinfachte Modelle“
erfordern.
Ich könnte doch auch einen herabrollenden Ball simulieren,
OK, dann interessierst Du Dich für „rigid body dynamics“
und mußt entsprechende Methodologien verwenden, z.B.:
http://www.rigidbodydynamics.com/RigidDynamicsTutori…
oder Elektronen die auf Ellipsen um einen Atomkern herumkreisen.
Nun ja, das hört sich etwas esoterisch an. Wenn Du aber
meinst, daß du die „Elektronenkonfiguration“ eines Atoms
oder Moleküls berechnen sollst, dann würdest du zu
Methoden aus dem Bereich der ab initio
multiple reference configuration interaction
(MRCI) verwenden (z.B.: http://qclab.kaist.ac.kr/pubs/YY01/yyy01.pdf).
Ich möchte nicht mathematisch simulieren, sprich einen Satz
von Differentialgleichungen numerisch lösen, sondern einfach
meine Phantasie visuell darstellen.
Dann willst Du also nur „Visualisieren“(?). Gut geeignet
dafür sind (unter vielen anderen …):
VMD (kostenlos und ausgereift, http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/)
Materials Visualizer des Materials Studio (Accelrsys), kostet was, aber als download version für beschränkte Zeit benutzbar: (http://www.accelrys.com/products/mstudio/trial_versi…)
Grüße
CMБ
vielen dank,
hat mir sehr geholfen,
grüße