Hi wwwler!
Ich habe mal wieder eine Frage zur Genetik:
Die TATA-Box im Promotor-Bereich wird immer angegeben in 5´–> 3´- Richtung.
JEdoch ist die Transkriptionsrichtung am codogenen Straang 3´–> 5´
Liegt die TATA-Box nun also auf dem nicht-codogenen Strang oder muss man sie eigentlich andersrum lesen (wäre es dann also eine „ATAT-Box“?)
DAnke auch für die alten Antworten auf meine letzte Frage!
grüße
ladydi
Hallo ladydi,
Die TATA-Box im Promotor-Bereich wird immer angegeben in
5´–> 3´- Richtung.
genau, wie auch alle anderen Elemente.
JEdoch ist die Transkriptionsrichtung am codogenen Straang
3´–> 5´
Du meinst die Ableserichtung. Ja. Die Synthese verläuft bekanntlich immer in 5’-3’-Richtung.
Liegt die TATA-Box nun also auf dem nicht-codogenen Strang
oder muss man sie eigentlich andersrum lesen (wäre es dann
also eine „ATAT-Box“?)
Mit der gleichen Logik Logik könnte man genau so gut auch die eigentliche Gensequenz als Antisense-Sequenz angeben. Weil aber die RNA so schön homolog zum sense strand ist, wäre das ziemlich unsinnig.
Die Konvention ist diejenige, dass die Sequenzen aller Elemente in 5’-3’-Richtung auf dem sense strand (Sinn-Strang) angegeben werden. Die TATA-Box liefert lediglich eine Struktur zur Anlagerung des TATA-Box-Bindeproteins und von Transkriptionsfaktoren an den Doppelstrang (!). Die Öffnung der Transkriptionsblase und die Transkription erfolgen erst danach.
LG
Huttatta
Hi!
>Die Konvention ist diejenige, dass die Sequenzen aller Elemente in >5’-3’-Richtung auf dem sense strand (Sinn-Strang) angegeben werden. >Die TATA-Box liefert lediglich eine Struktur zur Anlagerung des TATA->Box-Bindeproteins und von Transkriptionsfaktoren an den Doppelstrang >(!). Die Öffnung der Transkriptionsblase und die Transkription >erfolgen erst danach.
…? ist mir unklar. die TATA-Box liegt doch auf dem nicht-codogenen Strang; wenn ich also die 5´- 3´ - Richtung vom codogenen Strang nehme, dann hätte ich ja bei dem nicht codogenen die 3´- 5´- Richtung und somit eben ATAT… ???
die TATA-Box liegt doch auf dem
nicht-codogenen Strang;
falsch. Sie beinhaltet zwingend auch den Gegenstrang, weil die komplette räumliche Struktur des Doppelstrangs an dieser Stelle für die Bindung des TBP und der TF erforderlich ist. Siehe es einfach als untrennbare Einheit an. Ein halber Hocker ist auch ziemlich nutzlos. Und nach welcher Hälfte benenne ich bloß den Hocker? Siehst du, wie absurd das ist? Und dennoch muss man dem Hocker einen eindeutigen Namen geben, und der ist eben mal „Hocker“.
wenn ich also die 5´- 3´ - Richtung
vom codogenen Strang nehme, dann hätte ich ja bei dem nicht
codogenen die 3´- 5´- Richtung und somit eben ATAT… ???
Ja, aber das ist sinnlose Spielerei. Auf dem Sinnstrang heißt es TATA und fertig. Und weil alle Genomsequenzen in irgendwelchen Veröffentlichungen so angegeben werden, wie sie auf dem Sinnstrang zu finden sind (Promotorsequenzen, Regulatorelemente, Gensequenzen u.v.m.), und weil viele Elemente auf diese Weise ihren Namen erhalten (siehe TATA-Box), und weil die RNA-Sequenz sich von der DNA-Sequenz des Sinnstrangs bloß durch den T-U-Austausch unterscheidet, was vieles vereinfacht, macht man das so. Das musst du einfach hinnehmen.
Falls du dazu jetzt immer noch nicht bereit bist, schreibe bitte in Schönschrift tausendmal:
5’-Sinnstrang-3’
5’-Sinnstrang-3’
5’-Sinnstrang-3’
5’-Sinnstrang-3’
5’-Sinnstrang-3’
5’-Sinnstrang-3’
…
LG
Huttatta