Hi,
andere Frage: da das Diagramm „nur“ bis 5000m geht, könnte ich
doch theoretisch die Stratosphäre und Troposphäre als homogen
betrachten, oder?
Du meinst wohl 50.000m 
Und was verstehst du unter „homogen betrachten“?
Dann würde ich einfach an einer 2. y-Achse jeweils eine
seperate Temperatur-Skala für Tropo- und Stratospähre
improvisieren.
Wieso möchtest du das machen und was soll das für einen Sinn erfüllen? Was spricht dagegen es ganz normal zu machen wie das sonst auch üblich ist, siehe z.B. hier
http://www.ohio.edu/mechanical/programming/balloon/I…
Meinste ich kann das machen, oder sind die Unterschiede
innerhalb der Schichten so gravierend, dass das totaler
Quatsch ist?
Sicher sind die Temperaturunterschiede in einer Schicht gravierend. Hier am Boden hast du im Sommer wohlige 30°C und am oberen Ende der Troposphäre -60°C. In der Stratosphäre ist der Temperaturunterschied zwischen unterem und oberem Ende etwa genauso groß.
vg,
d.