Hallo,
wenn Du Unternehmer bist, dann hast du sicherlich auch schon eine Umsatzsteueridentifikationsnummer.
Wenn Du nun Waren für Dein Unternehmen in Tschechien (EU) kaufst, dann gibst du beim Kauf deine deutsche USt-ID-Nr. an und erhältst die Waren ohne tschechische Mehrwertsteuer. Du mußt dann allerdings den Einkauf als innergemeinschaftlichen Erwerb in Deutschland in Deiner USt-Erklärung besteuern. Erhältst aber im Gegenzug (evtl.) einen EG-Erwerbs-Vorsteuerabzug.
Wenn Du nun aber die Ware (versehentlich / unwissentlich) mit tschechischer Mehrwertsteuer gekauft hast, dann kannst du die Tschechische Mehrwertsteuer natürlich (wie du bereits erkannt hast) nicht beim deutschen Staat wieder holen. Dafür gibt es ein sog. Vorsteuervergütungsverfahren. Da mußt Du dich dann an eine Behörde in der Tschechien wenden, von der Du dann mit entsprechenden Formularen Deine tschechische USt wieder erstattet erhältst.
Viele Grüße, Moni