Wie/wann zwischen Präpositionen „in“ oder „auf“ zu unterscheiden?

Ich lerne Deutsch und besonders bei der Präpositionen habe ich
ständig Schwierigkeiten. Vor allem wenn es darum geht, zwischen „in“
oder „auf“ zu unterscheiden.
Z.B. jemand hat Änderungen auf/in dem System vorgenommen. Gibt es in dem Fall Unterschied in der Bedeutung
Bitte um eine Erklärung.

Man ändert etwas an einem System, nicht auf oder in. Zumindest, wenn mit System etwas abstraktes, unkörperliches gemeint ist (also z.B. Betriebssystem).

Bzgl. an und in: man legt etwas entweder auf eine Kiste oder in eine Kiste. Das macht es eigentlich am deutlichsten. In und auf bezeichnen Orte - „in“ bezeichnet einen Ort innerhalb eines Gegenstandes oder räumlichen Struktur (ich gehe IN den Garten, ich lebe IN Deutschland, ich gehe INS (= in das) Haus), während „auf“ einen Punkt unmittelbar (d.h. in der Regel berührend) oberhalb des Objektes bezeichnet (die Dachziegel liegen auf dem Haus, der Vogel sitzt auf dem Baum, ich trage einen Hut auf dem Kopf).

Gruß
C.