Ich fahre die Strecke mehrmals die Woche und kann hundertprozentig versichern, dass DB-Auskunft und solche Dinge überhaupts nicht bringen außer totalen Fehlinformationen.
Momentan ist der Hauptbahnhof Salzburg an sich noch offen. Wenn deine Freunde also von Wien nach Salzburg fahren und nicht nach Freilassing weiter können, dann können sie
a) mit dem Taxi nach Freilassing fahren (ca. 25 Euro; allerdings fahren viele Taxler aus Angst nicht mehr über die Grenze und zu Stoßzeiten ist der Ansturm auf die Taxis sehr groß; so habe ich es am Sonntag abend direkt nach der Schließung der Grenze gemacht) und dann ganz normal ab Freilassing mit dem Meridian nach München.
b) von Salzburg Hbf mit der S-Bahn oder dem O-Bus bis Salzburg Europark oder besser bis Salzburg Liefering fahren; von da aus sinds ca. 20-30 Minuten Fußweg bis zum Bahnhof Freilassing (der Weg ist leicht zu finden, immer dem Flüchtlingsstrom hinterher 
so mach ich es momentan per Fahrrad)
c) wenn man Glück hat, kommt am Hbf gerade ein Fernzug, der über die Grenze darf (so wars bei mir am Dienstag mit einem REX); da würde ich aber nicht auf eine Auskunft setzen.
d) Busse über die Grenze (weiß ich aber nicht weiter Bescheid);
evtl. könnte von Wien aus gleich der Westbus gebucht werden, d.h. mit der Westbahn von Wien nach Sbg, dann mit dem regulären Bus der Westbahn weiter nach München (das verkauft die Westbahn als Paket; braucht vermutlich Reservierung für den Platz im Bus. ist also nicht erst in der Westbahn zu buchen)
e) grundsätzlich unproblematischer ist wahrscheinlich der Grenzübergang über Ostbayern, also Wien-Linz-Passau-München (da kenne ich mich aber nicht weiter aus)
Gruß
F.
