Die Methode kleinster Quadrate ist für jedes Modell anwendbar, auch bei einer Sinuskurve. Allerdings lässt sich die Funktion der Fehlerquadrae nicht mehr auf algebraischem Wege minimieren. Es gibt nun eine Reihe an Algorithmen, die auf verschiedene Arten das Minimum suchen und sich (hoffentlich) diesem schrittweise annähern.
Wenn du wissenshungrig bist lies dich ruhig ein, Input findest du z.B. hier:
Methods for Non-Linear Least Squares Problems (2nd ed.) (allerdings auf Englisch)
Das in Excel umzusetzen wird schätze ich wenig Spaß machen (Excel beherrscht zwar curve fitting, aber soweit ich weiß nicht mit beliebigen Modellen). Also programmierst du entweder selbst, weil du es mal gemacht haben willst, oder du greifst auf Gnuplot zurück, ein nützliches und freies Programm unter anderem mit einem fit Befehl, der den genannten Levenberg-Marquardt-Algorithmus nutzt.
Alternativ, wie gesagt, bietet sich numerische Integration an. Das kannst du auch mit Excel umsetzen. Und noch eine Kleinigkeit: wenn deine Beschleunigungswerte auf einer Sinuskurve liegen (harmonische Schwingung), wird die Geschwindigkeit ja eine Kosinusfunktion sein, inbesondere können auch negative Werte vorkommen. Jedenfalls solltest du je nachdem was du möchtest folgendes Bedenken: willst du die Position deines beschleunigten Objekts nach eine gewissen Zeit berechnen, integriert du einfach die Geschwindigkeit. Interessiert dich dagegen die zurückgelegte Wegstrecke (wie in deinem ersten Post geschrieben) musst du den Betrag (allg. die Norm) der Geschwindigkeit integrieren:
L ( \gamma ) = \int_a^b | \dot \gamma(t) | \mathrm{d} t
Viel Spaß beim Tüfteln 